A jelenlegi Zsinati Levéltárnak a Református Egyetemes Konvent irattárától való különválasztása, levéltárrá szervezése 1951-ben történt, a "Magyarországi Református Egyetemes Konvent Levéltára" néven. A levéltár ezt a nevét 1964-ig viselte, amikor is az Egyetemes Konventet megszüntették. Ekkor a levéltár neve - tekintettel iratanyagának jellegére - a "Magyarországi Református Egyház Központi Levéltára" lett. 1970-ben a Zsinati Elnökség - mint az intézmény fenntartó szerve - a levéltárnak a "Magyarországi Református Egyház Zsinati Levéltára- elnevezést adta. A művelődési miniszter 95229/1969. XVIII. számú rendelkezésével a levéltárat szaklevéltárrá nyilvánította, s meghatározta illetékességi és gyűjtőkörét, valamint ágazati szakfelügyeleti hatóságát. 1995 óta új besorolása: nyilvános magánlevéltár.
A levéltár anyaga 92 fondot tesz ki, mely elsősorban a zsinati (1791-től) és a XVIII. század közepétől kezdve tartott konventi ülések irataiból, majd a Konventi, ill. Zsinati Iroda ügyvitelének iratanyagából áll. Ez kibővül azután a Zsinat által alkotott országos egyházi szervek és intézmények, továbbá az Egyetemes Konvent kezelésére bízott alapítványok, a felügyelete alá helyezett egyesületek, végül pedig egyéb, református vonatkozású országos mozgalmak, szervezetek begyűjtött iratanyagával, valamint a letétbe helyezett személyi fondokkal. Magyarország bel- és külpolitikájára vonatkozó jelentős történeti forrásértékű két fond: a Tisza és Burián iratok.
A Zsinati Levéltárban őrzött iratok közül a Református Egyetemes Zsinat, a Református Egyetemes Konvent, az Országos Református Lelkészi Nyugdíj- és Özvegy-árva Gyámintézet, valamint az Országos Református Közalap levéltári fondjainak iratállománya jelentős
veszteség nélkül megmaradt az idők és a levéltár történetének viszontagságai ellenére is. Az országos jellegű szervek, intézmények, testületek később begyűjtött fondjainak jelentős része csupán töredék. A levéltárban személyi fondok is vannak, amelyek beérkezésük sorrendjében kerültek nyilvántartásba és elhelyezésre, és ennek megfelelően kaptak törzsszámot is.