A kórházat a pesti református német leányegyház állította fel 1866-ban. Rózsa utca 53. sz. alatti házat bérbevette és berendezte előbb 6, majd 11 ággyal. A betegeket 2 orvos és két kaiserwerthi diakonissza gondozta. Az első évben 43 belgyógyászati és 16 sebészeti beteget ápoltak a poliklinika 109-et.
1868-ban megvásároltak ugyanabban az utcában egy-két épületből álló kertes házat. Ezt 20 ággyal rendezték be.
1872-ben városrendezés (a későbbi Andrássy út megnyitása) miatt a Főváros kisajátította a telket és megvásárolta. Ekkor vásárolták meg azt a Hermina-úti villát, amely a kórház állandó helye lett. Több ízben bővítették, de először csak 50 ággyal nyitották meg. Felállítottak gyermekosztályt is. 1891-ben már 816 beteget ápoltak (negyedszázados évford.).
1903-1904 között történt a kórház átalakulása magyar diakonissza-kórházzá a közben 1903-ban megalakult Filadelfia diakonissza-egylet 12 diakonisszájával. A Filadelfia 1909-ben megvette a kórházat a német leányegyháztól, majd 1914-ben megvásárolta a szomszédos villát is. A nyilvánossági jogot 1906-ban kapta. Sebészeti és belgyógyászati osztálya volt.
Az első világháború alatt "Kisegítő Hadi-hórház" lett. 92 katonát ápoltak. A kórház félszázados évfordulója évében felállítottak szülőotthont is. Az évi beteglétszám már 1155 volt ekkor. A súlyos gazdasági helyzet és a betegek ellátásáról való gondoskodás lehetősége miatt fennakadás támadt, csaknem egy évig szünetelt is. Csak 1920-ban holland és angol segéllyel, majd hazai gyűjtéssel kezdett újból fejlődni a kórház. 1920-ban szülészeti, 1924-ben sebészeti, 1925-ben belgyógyászati osztály felállításával 80 ágyas kórház lett, 1926-ban az ápoltak száma 1794, műtét 911. - 1925-ben fogászati, majd gégészeti gyógykezelés is kezdődött.
1938-ban átvette a kórházat a Dunamelléki Református Egyházkerület, mint Filadelfia diakonisszaintézeti alapítványt.
1951-ben fővárosi Szülőotthonná alakult át, majd 1953-ban teljesen átadta az egyház a kórházat a Fővárosnak.
1991. októberében a Református Zsinat visszaigényelte a kórházat és a (a Bethesda és Ilka utcai részleggel együtt) 1992. július 1-jével - igen leromlott műszaki állapotban - visszakerült a református egyház tulajdonába, s a "Magyarországi Református Egyház Bethesda Gyermekkórháza"-ként, dr. Dizseri Tamás gyermekgyógyász igazgató-főorvos irányítása alatt működik, és a felújítási, bővítési, fejlesztési munkálatok is folynak. Újraindításakor Magyarország egyetlen keresztyén kórháza volt (1996-ban Budapesten, a Széher úton a Római Katolikus Egyház Szent Ferenc Kórháza is megkezdte működését), és Közép-Kelet-Európa egyetlen protestáns gyermekkórháza. Az intézmény jóllehet a Magyarországi Református Egyház tulajdona, az Országos Egészségügyi Pénztárral kötött szerződés alapján a közgyógyellátási feladatokban osztozik. Felekezeti hovatartozástól függetlenül 18 éves korig fogadja a gyermekeket.
Egyházi jellegéből adódóan betegei és azok családja körében diakóniai és missziói szolgálatot végez, a határon túli magyarság rászoruló gyermekeinek gyógyításában lehetőségei szerint osztozni igyekszik.
Szakmai profilja az általános gyermekgyógyászat minden területére kiterjed. Egyedülálló az 1995-ben megnyitott onkohaematológiai-hospice részleg.
A Kórház Ilka utcai részlegében adott helyet a Református Egyház Házasság- és Családsegítő Szolgálatának, ezzel is kifejezve, hogy a gyógyításban nemcsak a betegség kezelésére, hanem az egész ember gyógyítására törekszik. - A Kórház 1995-ben 7680 fekvő, 91 000 járóbeteget kezelt. - Nevét az államosítás alatti években is utca viselte.
1940-ben már 3400, 1950-ben 4511 az ápoltak száma.
A Bethesda kórház fennmaradt iratai az 1880. évi betegfelvételi naplókkal kezdődnek és 1953-ig terjednek. Összesen 802 raktári egységben, cc. 50 folyóméternyi terjedelemben tárolt iratok formailag és tárgyilag kialakított levéltári rendje:
I. Leveles könyvek: [1-190] (1880-1962)
A) Indexek 1911-1952 közt
B) Betegápolási Naplók 1880-1953 közt [17-40]
C) Betegápolási törzskönyvek 1908-1953 [41-62]
D) Sebészeti Naplók 1914-1950 közt [63-66]
E) Nőgyógyászati ambulancia 1925-1953 közt [67-101]
F) Gyermekgyógyászati Naplók 1925-1952 közt [102-110]
G) Gégészeti naplók 1929-1952 közt [111-123]
Csomójegyzék
Rksz. Jelzet: Tárgy: Év: Iratsorszám: